Раздел геномики, который занимается поиском сходства между организмами на уровне целых геномов. Хорошо известно, что существует высокая степень консервативности на уровне метаболических путей и их связей даже у организмов, далеко отстоящих друг от друга на эволюционной лестнице. Классический пример – почти полная идентичность инсулинового сигнального пути у человека и элегантной нематоды (Caenorhabditis elegans)*, обеспечиваемая генами-аналогами, присутствующими в двух разных геномах. Обнаружено, что для 30 % высококонсервативных генов**, связанных с болезнями человека существуют родственные гены даже в дрожжах. Анализ сходства в последовательностях ДНК различных видов организмов открывает новые возможности в исследовании эволюционного процесса, основные проблемы которого теперь можно ставить и решать с позиций молекулярной биологии. Так в результате геномных исследований стало ясно, что киты являются более близкими родственниками гиппопотамам (бегемотам), чем гиппопотамы крупному рогатому скоту. Особенно интересные результаты даёт сравнительная геномика в установлении сходства и различий человека с ближайшими родственниками – гоминоидами (сиамангами и гиббонами, орангутангами, гориллами и шимпанзе)***.
*У элегантной нематоды обнаружен ген daf-2, кодирующий аналог рецептора инсулина человека (интересно отметить, что этот ген существенно влияет на продолжительность жизни червя).
**Гены, участвующие в регуляции клеточного деления и репарации ДНК.
***Уже расшифрованы геномы шимпанзе (2005 г.), а также геномы орангутанга и бонобо (карликового шимпанзе Pan paniscus).