От греч. genos – род и typos – образец, отпечаток. Понятие классической генетики, означающее всю совокупность генов конкретного организма (буквально, генетическое строение организма), имеющих фенотипическое проявление**. Понятие также используется по отношению к комбиации генов в любом отдельном локусе или в группе локусов. Генотип определяет норму реакции организма при различных условиях среды. Плодовитые особи с определённым генотипом оставляют след своим геномом в генофонде популяции или вида. В более широком смысле, генотип – совокупность всех наследственных факторов организма, входящих в геном, плазмон и пластом (последнее понятие относится к растениям). Ещё в 30–40-е годы XX века Н. В. Тимофеев-Ресовский и М. Е. Лобашев чётко сформулировали, что генотип не сумма, а система генов, причём – целостная система взаимодействующих генов. Это следует из того, что один ген часто может влиять на многие признаки (см. Плейотропия).
*Термин был введён в 1909 г. датским ботаником Вильгельмом Людвигом Иогансеном (W. L. Johannsen, 1857–1927).
**Широко известна старая формула: генотип ассигнует, фенотип реализует. Кроме того, первая аксиома биологии утверждает единство генотипа и фенотипа, при котором генотип определяет фенотип, но фенотип ещё зависит и от среды (см. Фенотип).