От греч. idios – особый, собственный и lithos – камень. Термин для обозначения вторичных метаболитов микроорганизмов. Представляют собой сложную сборную группу низкомолекулярных соединений, специфичных для отдельных штаммов (или для ограниченного числа штаммов) того или иного вида микроорганизма. Большинство вторичных метаболитов имеют необычную химическую структуру, а их синтез зависит от концентрации питательных веществ в среде и скорости роста культуры*, и индуцируется по механизму обратной связи в ответ на инактивацию определённых ферментов. Вторичные метаболиты, как продукты химической дифференцировки микроорганизмов, играют важнейшую роль в их выживании в природных условиях, обеспечивая экологическую конкуренцию**, а в некоторых случаях и симбиоз. В эту группу входят антибиотики, токсины, пигменты*** и феромоны, обладающие функциями ингибиторов ферментов, антагонистов и агонистов рецепторов, иммуномодулирующих и противоопухолевых агентов, стимуляторов роста животных и растений, а также пестицидов (см. Антибиотики).
*Начало синтеза большинства вторичных метаболитов совпадает с началом стационарной фазы роста, или фазы споруляции. Так синтез пептидных антибиотиков у бацилл обычно начинается в конце экспоненциальной фазы с переходом в стационарную фазу роста.
**Другими словами, являются факторами конкуренции, как с прокариотами, так и с эукариотами.
***Пигменты, обладающие антибиотической активностью, например, такие как продигиозин и виолацеин, защищающие соответственно бактерии Serratia marcescens и Chromobacterium violaceum от поедания амёбами. В присутствии этих пигментов простейшие образуют цисты или погибают.