От греч. meta – после, за, между и геном. 1. В общем смысле, совокупный геном. 2. В частности, совокупность генов всего сообщества микроорганизмов разных видов, обитающих в каком-либо месте. 3. Термин также относится к совокупному числу генов, микроорганизмов-симбионтов, обитающих по всему телу человека (кожа, ротовая полость, желудок, кишечник, мочеполовой тракт, вагина). Метагеномный анализ* показал, что микробы, живущие в кишечнике человека, содержат в 150 раз больше различных генов**, чем весь человеческий геном! (см. Микробиом).
*Метагеномный анализ позволил выявить в кишечнике человека около 300 неизвестных науке видов микроорганизмов, а всего к обитателям кишечной микрофлоры можно отнести примерно тысячу видов различных микробов. Эти данные наводят на мысль, что изменения в составе микроорганизмов, а также изменение их количества и характера взаимодействий, могут играть ключевую роль в развитии ряда распространённых патологий человека (воспалительных заболеваний кишечника, развития ожирения, нарушений функционирования иммунной системы и бактериальных вагинозов).
**В рамках проекта 7-й рамочной программы Евросоюза MetaHIT (Metagenomics of the Human Intestinal Tract), стартовавшего в 2008 г., расшифрованы 3,3 млн. генов кишечной микрофлоры человека.