Фермент DNMT1, метилирующий в процессе эмбриогенеза неметилированные последовательности ДНК-мишени. На ранних стадиях эмбриогенеза в геномной ДНК почти нет метилированных сайтов* и, кажется, все гены находятся в активном состоянии. Думается, что первыми DNMT1 начинает метилировать цитозины транспозонов и ретротранспозонов, в том числе Alu-повторов, “выключая” их активность (см. Метилирование ДНК).
*В раннем эмбриогенезе на стадии образования бластоцитов специальные деметилазы проводят деметилирование хромосом, исключая диверсифицированные гены, у которых каким-то образом проводится неполное деметилирование, причём ускользает либо отцовский, либо материнский аллель. Но уже на стадии гаструляции гены вновь метилируются.