Метилирование CpG-сайтов ДНК у млекопитающих приводит к формированию многосубъединичных репрессирующих белковых комплексов, которые индуцируют деацетилирование гистонов. В состав этих комплексов входят метилцитозинсвязывающие белки, из которых наиболее изучен MeCP2. Этот белок локализуется в ядре в комплексе с гистоновыми деацетилазами и связывается только с сайтами, содержащими метилированные динуклеотиды CpG. В результате связывания MeCP2 через корепрессор индуцирует деацетилирование гистоновых белков, приводящее к модификации структуры хроматина и подавлению транскрипции*. Таким образом, метилирование – это эпигенетический процесс подавления транскрипционной активности (см. Метилирование ДНК).
*Установлено, что неметилированные CpG-островки содержит хроматин с открытой конфигурацией, в котором гистоновые белки, образующие нуклеосому, находятся в ацетилированной форме (так называемый транскрипционно компетентный хроматин). Деацетилирование гистонов изменяет структуру хроматина и делает её недоступной для транскрипционных факторов.