Представлен кольцевой “хромосомой” (хромосомой М, или мтДНК). В каждой митохондрии находится от 2 до 10 копий мтДНК, каждая из которых длиной 16569 пар нуклеотидов и включает 13 генов, не имеющих интронов (см. Митохондрии).
*Передаётся потомкам только по материнской линии (см. Сперматозоиды). ДНК митохондрий не подвержена рекомбинации и наследуется как единый блок (гаплотип). Это свойство мтДНК позволило реконструировать генеалогию митохондриальных последовательностей у человека и прийти к заключению, что всё современное человечество имеет минимальное число предков по женской линии, скорее всего, близких по родству (в крайнем варианте даже всего одну прапраматерь, жившую 143 тысячи лет назад)**. Отсюда следует, что гены первозданнее расовой принадлежности, и каждый из нас является генетическим носителем истории всего человечества. В то же время, нас не могут не удивлять и поражать библейские представления о ветхозаветной прародительнице человечества Еве (или Лилит?). Как творцы Библии могли догадаться или знать об истинных путях происхождения человечества?
Поскольку митохондриальный геном передаётся только по материнской линии, и в нём не происходит перемешивания генов, характерного для ядерного генома, скорость накопления в нём мутаций можно рассматривать как своеобразные хронометры, которые показывают, когда предок конкретного организма отделился от родственной группы организмов.
**Наиболее обоснованное статистическое исследование, проведённое в 2010 г. профессором статистики Университета Райса (Rice University, Техас) Мареком Киммелем (Marek Kimmel) и его польскими коллегами из Института информатики Силезского технологического Университета показало, что прародительница современных людей жила около 200 тысяч лет назад, и, скорее всего, в Африке.