От лат. vacuus (vacuum) – пустой и суффикса ом (om), означающего совокупность. Система вакуолей в клетке (совокупность клеточных вакуолей).

Медицинский Биологический Словарь
Большой энциклопедический словарь медико-биологических терминов — Н.А.Сеткова и Г.Э. Карапетяна
От лат. vacuus (vacuum) – пустой и суффикса ом (om), означающего совокупность. Система вакуолей в клетке (совокупность клеточных вакуолей).