От греч. makros – большой и nucleus – ядро. Большое полиплоидное ядро у представителей типа (подтипа) инфузорий (свободноживущих ресничных (Ciliata) и паразитических, например, для человека балантидий (Balantidium), а также сосущих (Suctoria) инфузорий), обладающее метаболическими функциями. Макронуклеус представляет собой, буквально “мешок” с отдельными функциональными фрагментами генома (в основном готовыми генами*), несущими на обоих концах теломеры, и при бесполом размножении делится прямым способом – амитозом. Не участвует в половом размножении и при половом процессе разрушается (явление диминуции) (см. Амитоз, Микронуклеус, Диминуция). Синонимы – вегетативное ядро, трофическое ядро.
*Гены генеративного ядра разделены удаляемыми фрагментами (элиминируемыми вставками IES – internal eliminated segments), а участки, предназначенные для макронуклеуса (MDS – macronucleus destined sequences), расположены у некоторых видов (инфузорий класса Spirotrichea) не в том порядке, в каком они находятся в макронуклеусе. При созревании макронуклеуса IES удаляются, а MDS выстраиваются в нужном порядке (см. Гены перемешанные). Удаляются также короткие (< 50 п.н.) разделяющие гены последовательности BES (breakage eliminated sequences), по флангам которых расположены сайты разрезания хромосом.