Идея STS была реализована в 1989 г., а реперная физическая карта генома человека была опубликована в 1995 г. и содержала 15000 STS* маркёров, расстояние между которым в среднем составляло 200 тыс. пар нуклеотидов (200 кб) с указанием их точной хромосомной локализации. Карту использовали как основу для составления контигов фрагментов из BAC и PAC-клонов (см. Контиги, Векторы BAC и PAC). При наличии у двух клонов одного и того же STS-маркёра их объединяют в один контиг.
*STS. От англ. “sequence tagget site” – маркёрная последовательность (“сиквенсный ярлык”). Уникальные последовательности генома человека, длиной 100–200 пар нуклеотидов, легко определяемые с помощью метода полимеразной цепной реакции (ПЦР). Как STS-маркёры могут использоваться микросателлитные маркёры (см. Микросателлиты), а также маркёры экспрессируемых последовательностей (ESTs), если они соответствуют уникальным генам.