От греч. heteros – другой и хроматин (chroma – цвет). Присутствующие в геномах большинства видов организмов участки интерфазных ядер, содержащие постоянно конденсированный (компактный) на протяжении интерфазы хроматин (см. Хроматин). Гетерохроатин характерен, прежде всего, для дифференцированных клеток, в которых подавляется экспрессия не нужных им генов. Для гетерохроматина обычно характерны поздняя репликация** ДНК и отсутствие транскрипционной активности. Эухроматин и гетерохроматин различаются как по циклам компактизации, так и по молекулярной и генетической организации ДНК. Первый на протяжении клеточного цикла проходит цикл компактизации-декомпактизации, а второй сохраняет состояние компактности. Различают конститутивный (постоянный) и факультативный гетерохроматин. Постоянный гетерохроматин локализован в центромерных, теломерных и интеркалярных (вставочных) зонах митотических хромосом. Предполагают, что функцией конститутивного гетерохроматина является обеспечение спаривания гомологов в мейозе (коъюгация гомологов) и структуризация интерфазного ядра. Факультативным гетерохроматином являются неактивные конденсированные участки эухроматина. Примером такого временного гетерохроматина может служить инактивированная Х-хромосома в клетках женского организма – тельце Барра (см. Тельце Барра, Лайонизация). У самцов червецов гетерохроматинизирован и, соответственно, полностью инактивирован весь мужской геном (весь набор отцовских хромосом) (см. Гетерохроматинизация). Функциональная значимость гетерохроматина до сих пор не ясна, а немногочисленные гены, найденные в этих областях генома, чаще связаны с некоторыми функциями клеток зародышевого пути (например, активированы при созревании гамет). Интересно, что в процессе онтогенеза гетерохроматиновые участки ДНК могут теряться в соматических клетках у некоторых видов организмов (см. Диминуция), а также в процессе политенизации хромосом, например, у дрозофилы. Эффективный способ выявления гетерохроматина осуществляется с помощью флуоресцирующих красителей, таких как квинакрин (Q-окраска) и Хёкст (Hoechst 33258 – Н-окраска). Оба красителя связываются с районами хромосом, обогащёнными А–Т-парами. При G-окраске выявляются поперечные полосы, которые считаются удобными маркёрами различных частей хромосом, что позволяет идентифицировать индивидуальные хромосомы и их фрагменты. C-окраска (C-banding) – методика окраски на конститутивный гетерохроматин (где C – constitutive), позволяющая дифференциально окрашивать эу- и гетерохроматин. Интересно добавить, что 20 % геномной ДНК человека локализовано в С-полосах хромосом.
*Впервые гетерохроматин был описан у мышей немецким цитологом Эмилем Гейтцем (E. Heitz, 1928), как участки хромосом, которые по окраске отличаются от других сегментов, названных эухроматином. Представления о гетерохроматине, как о районах хромосом, которые остаются в виде плотных блоков в межмитотический период (в интерфазе), сформулировал Дж. Шульц (J. Schultz, 1947).
**Следует отметить, что не все гетерохроматиновые участки поздно реплицируются, также как и не все поздно реплицирующиеся участки относятся к гетерохроматину.